中草药  2015, Vol. 46 Issue (4): 562-565
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远志属7种药用植物ITS1和ITS2序列分析
樊杰, 白妍, 束明月    
山西中医学院, 山西 太原 030024
摘要目的 采用ITS序列进行远志属7种药用植物的分子鉴定.方法 通过测定远志Polygala tenuifolia、卵叶远志P. sibirica、瓜子金P. japonica、华南远志P. glomerata、蓼叶远志P. persicariifolia、肾果小扁豆P. furcata和小花远志P. arvensis的ITS1、ITS2序列,借助ClustalX、MEGA 3.1软件比较和分析ITS1、ITS2的序列特征.结果 远志属7种药用植物ITS1长度为279~291 bp,ITS2的长度为211~219 bp,变异位点232个,信息位点53个;远志与卵叶远志的遗传距离最小,华南远志与肾果小扁豆遗传距离最大,亲缘关系最远.结论 远志属7种药用植物的ITS1、ITS2序列可作为分子鉴定的依据.
关键词远志属     ITS序列     DNA条形码     物种鉴别     ITS1     ITS2    
ITS1 and ITS2 sequences analysis of seven medicinal plants in Polygala L.
FAN Jie, BAI Yan, SHU Ming-yue    
Shanxi University of Traditional Chinese Medicine, Taiyuan 030024, China
Abstract: Objective To provide the evidence for the molecular identification of seven medicinal plants in Polygala L. Methods Sequencing of ITS1 and ITS2 genes from Polygala furcata, P. japonica, P. tenuifolia, P. glomerata, P. persicariifolia, P. sibirica, and P. arvensis was performed. Sequence features were compared and analyzed using ClustalX and MEGA 3.1 softwares. Results In the seven medicinal plants of Polygala L., the length of ITS1 and ITS2 varied in 279-291 bp and 211-219 bp separately, with 232 variable sites and 53 parsimony information sites. The smallest genetic distance was observed between P. tenuifolia and P. sibirica, and the largest existed between P. furcata and P. glomerata revealing their farest genetic relationship. Conclusion ITS sequences of the seven medicinal plants in Polygala L. can be used as the reference for the molecular identification.
Key words: Polygala L.     ITS sequences     DNA barcodes     identification of species     ITS1     ITS2    

远志属Polygala L. 是一个世界性分布的大属,尤以热带、亚热带为盛,约500种[1],传统分类分为10个组[2]或12个亚属[3]。我国有3个亚属,42种8变种,全国分布,以西南和华南地区最多,3个亚属分别是黄杨亚属、小扁豆亚属和远志亚属[1, 4]。远志属植物含有丰富的三萜皂苷、酮、寡糖酯类成分及其他活性成分,组成该属植物生理活性的有效物质群,该属植物有镇咳、祛痰、益智、安定、解毒消肿、补益强壮等作用[5, 6]。在临床和民间常用于心神不安、惊悸失眠健忘、咳痰不爽、疮疡肿毒等[6]。肾果小扁豆Polygala furcata Royle、瓜子金P. japonica Houtt.、远志P. tenuifolia Willd.、华南远志P. glomerata Lour.、蓼叶远志P. persicariifolia DC. 卵叶远志P. sibirica L. 及小花远志P. arvensis Willd. 为常见的远志属药用植物,近年来,在化学成分、HPLC指纹图谱、遗传多样性、组织培养和药理作用等方面有一些相关研究[7, 8, 9]

核糖体DNA内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列由于长度保守、信息位点丰富、核苷酸变异快,已被广泛用于植物种间、属间和科内的系统发育与分类研究[10, 11, 12]。近年来,在药用植物分子鉴定、遗传多样性、系统分类等方面有大量研究[9, 13, 14],而有关用ITS序列鉴定远志属药用植物的研究未见报道。本研究通过测定ITS1、ITS2序列,构建远志属7种植物的系统发育树,从分子系统学角度探讨其亲缘关系,同时为远志属药用植物分子鉴定提供参考。

1 材料和方法 1.1 材料

远志Polygala tenuifolia Willd.(山西盂县和灵丘)和卵叶远志Polygala sibirica L.(山西盂县)由山西中医学院樊杰讲师鉴定。肾果小扁豆Polygala furcata Royle、华南远志Polygala glomerata Lour. 及小花远志Polygala arvensis Willd. 的叶片材料取自中国科学院植物所标本馆。从GenBank数据库获得另外3个种的ITS序列3条,材料来源和GenBank 数据见表 1

表 1 样品来源 Table 1 Sample sources
1.2 基因组DNA的提取

DNA的制备采用改良CTAB法,但无法获得进行后续PCR的DNA,根据文献报道 [15]对实验环节略作调整,水浴温度45 ℃,水浴5 h,加异丙醇沉淀1 h。

1.3 ITS1ITS2序列的PCR扩增及测序

引物参考文献中的引物[14],ITS片段均无法一次完成PCR扩增,所以分为ITS1和ITS2两段扩增。使用的引物包括ITS正向:5’-CGAGAAGTCCAC-TGAACCTTATC-3’和ITS反向:5’-TCTTYTCCTC-CGCTTATTGATATGC-3’;ITS internal 反向:5’-GCGTTCAAAGACTCGATGGTTC-3’和ITS internal正向:5’-GACTCTCGGCAACGGATATCTCGGC-3’。PCR反应在PTC-200型PCR仪上进行。PCR总体积为25 μL,包括:12.5 μL Mix(Takara Premix Taq),10 μm引物各0.5 μL,0.5~1 μL模板(10~50 ng),用灭菌超纯水补足反应体积。扩增程序为:94 ℃、3 min,33 个循环:94 ℃、1 min,58 ℃、1 min,72 ℃、80 s,72 ℃、6 min。PCR产物10 μL用1%琼脂糖凝胶电泳检测。PCR产物送华大基因测序。

1.4 序列提交和分析

序列通过Sequin软件提交至NCBI 数据库,并获得相应登录号。ClustalX 1.81软件用于序列比对,采用MEGA 3.1软件计算遗传距离并构建系统发育树。

2 结果与分析 2.1 ITS1ITS2序列比较

测序结果表明,序列中除ITS1和ITS2的全长外,还包含5.8、18、28 S的部分序列,远志属4种药用植物的ITS序列已提交至NCBI,GenBank登录号和对应的植物名称见表 1。序列分析结果表明,远志属7种药用植物ITS1长度为279~291 bp,(G+C)量为55.6%~62.5%;ITS2的长度为211~219 bp,(G+C)量为59.3%~65.0%。结果见表 2

表 2 远志属7种药用植物ITS1ITS2序列长度及(G+C) Table 2 Length and G + C contents of ITS1 and ITS2 sequences of seven medicinal plants in Polygala L.

利用Clustal X 1.81软件分别对ITS1和ITS2的9个序列进行比对,结果表明,ITS1和ITS2结果类似,ITS1序列远志与卵叶远志之间差异最小,仅存在1个碱基的差别,其余种间差别都很大;ITS2序列远志与卵叶远志之间差异最小,仅存在1个碱基的差别,瓜子金与远志有2个碱基差异,与卵叶远志有3个碱基的差异;其余种间差别都很大。

2.2 系统发育分析

利用MEGA 3.1软件计算ITS1和ITS2的变异位点及信息位点,结果表明,ITS1含144个变异位点和35个信息位点,分别占总位点数的42.48%和10.32%;而ITS2序列中的变异位点和信息位点分别为88和18个,占总位点数的37.93%和7.76%。利用MEGA 3.1的Kimura 2-parameter计算6种药用植物之间的遗传距离,结果表明,远志的2个样品及卵叶远志的2个样品之间遗传距离为0,远志与卵叶远志之间的遗传距离为0.006,两者的亲缘关系为种间最近;华南远志与肾果小扁豆之间遗传距离最大,达0.472,两者关系最远(表 3)。

表 3 远志属7种药用植物的遗传距离 Table 3 Genetic distances among seven medicinal plants in Polygala L.

基于ITS1和ITS2序列,采用NJ法构建了系统发育树,经1 000次自举检测,结果(图 1)表明,亲缘关系较近的卵叶远志与远志处于同一分支,并得到100%支持;瓜子金与小花远志聚为一支,支持率中等(63%)。与它们遗传距离较远的蓼叶远志、华南远志、肾果小扁豆依次各自成一支。

图 1 基于ITS1ITS2序列构建的系统发育树Fig. 1 Phylogenetic tree based on ITS1 and ITS2 sequences
3 讨论

ITS 序列分析技术具有技术简单、结果准确、重复性好等优点,近年来广泛应用于药用植物鉴定,是药学研究中的一种重要分子标记[16]。其中ITS2被认为比ITS1具有更多的信息位点,具有更高的鉴定效率[17, 18]。但本研究并不支持这一结论,ITS1序列中的信息位点占总位点数的10.32%略高于ITS2 的7.76%。

本研究以7种远志属药用植物为材料,利用PCR技术分离、测定了其中5种的ITS1、ITS2序列,并提交至NCBI数据库,丰富了GenBank数据库中远志属植物的序列信息。卵叶远志和远志同为药材远志的基源植物[19],两者在形态上十分相似,药材也较难区别,基于ITS序列建立的系统发育树也支持这一观点,二者是7种药用植物中遗传距离最小的。ITS序列可用于植物种间、属间和科内的系统发育与分类,本研究中,远志属植物在ITS序列上存几个到几十个碱基的差异,变异位点和信息位点丰富,ITS序列可作为远志属7种药用植物之间鉴定的分子标记。

参考文献
[1] 陈书坤, 李 恒, 陈邦余. 中国植物志(第43卷, 第3分册)[M]. 北京: 科学出版社, 1997.
[2] Chodat R. Monographia Polygalacearum[J]. Mem Soc Phys Geneve, 1893, 31: 1-500.
[3] Paiva J A R. Polygalarum africanarum et madagascariensium prodomus atque gerontogei generis Heterosamara Kuntze, a genere Polygala L. segregati et a nobis denuo recepti, synopsis monographica[J]. Fontqueria, 1998, 50: 1-356.
[4] 陈书坤. 中国远志属植物的分类研究[J]. 植物分类学报, 1991, 29(3): 193-229.
[5] 李文魁, 林 新, 彭 勇. 中国远志属药用植物资源及传统疗效[J]. 时珍国药研究, 1997, 8(6): 481-482.
[6] 杨学东, 张丽杰, 梁 波. 远志科植物中寡糖酯类成分[J]. 中草药, 2002, 33(10): 954-958.
[7] 姜 勇, 张 娜, 崔 振. 远志药材的HPLC指纹图谱[J]. 药学学报, 2006, 41(2): 106-109.
[8] 马菁菁, 刘 斌, 罗跃娥. 远志化学成分和药理活性的研究进展[J]. 辽宁中医药大学学报, 2009, 11(12): 161-162.
[9] 李 佳, 房敏峰, 周天华, 等. 主产区远志种质资源遗传多样性的ISSR分析[J]. 中草药, 2010, 41(11): 1881-1885.
[10] Fan J, Qin H N, Li D Z, et al. Molecular phylogeny and biogeography of Holcoglossum (Orchidaceae: Aeridinae) based on nuclear ITS, and chloroplast trnL-F and matK[J]. Taxon, 2009, 58(3): 849-861.
[11] Sonnante G, Galasso I, Pignone D. ITS sequence analysis and phylogenetic inference in the genus Lens Mill.[J]. Ann Bot, 2003, 91(1): 49-54.
[12] Schmidt G J, Schilling E E. Phylogeny and biogeography of Eupatorium (Asteraceae: Eupatorieae) based on nuclear ITS sequence data[J]. Am J Bot, 2000, 87(5): 716-726.
[13] 蒋玲艳, 郭志刚, 王 翀, 等. 中国不同地区绞股蓝ITS序列分析[J]. 中草药, 2009, 40(7): 1123-1127.
[14] Abbott J R. Phylogeny of the Polygalaceae and a revision of Badiera[D]. Gainesville: University of Florida, 2009.
[15] Cota-Sánchez J H, Remarchuk K, Ubayasena K. Ready-to-use DNA extracted with a CTAB method adapted for herbarium specimens and mucilaginous plant tissue[J]. Plant Mol Biol Rep, 2012, 24(2): 161-167.
[16] 于华会, 杨志玲, 杨 旭, 等. 药用植物种质资源ITS序列研究进展[J]. 中草药, 2010, 1(3): 491-496.
[17] Chen S L, Yao H, Han J P, et al. Validation of the ITS2 region as a novel DNA barcode for identifying medicinal plant species[J]. PLoS One, 2010, 5: e8613.
[18] 辛天怡, 姚 辉, 罗 焜, 等. 羌活药材ITS/ITS2 条形码鉴定及其稳定性与准确性研究[J]. 药学学报, 2012, 47(8): 1098-1105.
[19] 中国药典[S]. 一部. 2010.