中药复方的配伍规律和药效物质基础研究是中医药现代化的重要内容,中药方剂的组方原理、各种化学成分之间的相互作用以及在人体内的作用机制目前尚不完全清楚。从系统分析三元论设计思想到有效部位、有效成分组学,分子中药组学理论的提出,从不同的角度、不同的层次来认识中医理论和中药复方多成分、多靶点的治疗模式。通过拆方、药对和化学物质研究来对传统方剂的配伍理论进行验证和解释。通过研究中药有效成分、单方及复方体内过程的动态变化规律,研究中药化学成分肠内菌代谢过程,来阐明中药复方配伍的科学内涵和作用机制。这对中药新药研制、创新药物研发以及指导临床应用都有重要意义。提出目前中药复方研究中存在的问题并对研究前景做了展望。